- Acquisto
La notizia della messa all'asta della villa mise in moto i Barnabiti, da  alcuni mesi nella Villa Càgliari, desiderosi di trovare sulle colline fiorentine un grande ambiente per un Collegio-convitto

Il 5 febbraio 1868 giunse da Roma P. Eugenio Baretta, Visitatore ed Economo Generale. Durante l’asta, il 6 febbraio, il Rettore P. Luigi Cacciari, offrì 64.300 lire. Il 21 febbraio, prima che scadessero i quindici giorni  regolamentari per il contratto, l’ebreo Luigi Castiglioni offrì 75.000 lire, aprendo una nuova asta, in cui, dopo varie offerte, la Querce fu aggiudicata al Castiglioni per 91.000 lire. Trovandosi però a mal partito, cedette ai Barnabiti, dietro il compenso di 1.500 lire, la Querce per 81.000 lire, reale cifra, secondo una più corretta perizia sulla fornitura dell’ acqua.

Il Pagliano vendette ai Barnabiti, per 2.900 delle suppellettili, del materiale da costruzione e soprattutto il quadro dell’Annunciazione, dipinta dal Bronzino nel 1601.

- Ristrutturazione
Il 10 luglio 1868 la comunità dei religiosi, 5 Padri e 2 Fratelli, Don Giovanni Ronconi, sacerdote oblato, 10 convittori, i domestici, da Villa Càglieri si trasferirono alla Querce.
Con il nuovo anno scolastico, gli alunni aumentarono (una quarantina), rendendo necessario un adeguato ambiente. A pian terreno viene aperta la cappella pubblica (2 marzo 1869); il 21 aprile 1869 erano pronte tre camerata. A novembre del 1869 gli alunni erano una settantina.
Il Rettore P. Luigi Cacciari (1827-1905) decise la costruzione ‘ex novo’ di un convitto arioso e razionale, l’approvazione del P. Generale P. Alessandro Teppa e della sua consulta è del 9. XI. 1869.
Il mutuo di 120.000 lire dalla Cassa di Risparmio di Firenze, il dono di molte cartelle turche esigibili in Parigi, in oro, della rendita annua di 1500 lire oro, di P. Paolo Ravelli, parroco di S. Dalmazzo di Torino e i risparmi della  comunità permisero di affrontare i lavori e approntare per l’ottobre del 1871 sei camerate: nel 1873 i convittori raggiunsero la massima cifra di 176, per poi calare progressivamente.
  La costruzione della cappella (aprile 1872 - 4 novembre 1874) e del teatro (1874-1875) portò la struttura dell’intero stabile alla forma di una ‘q’ minuscola.

Lavori di adattamento e costruzione di locali sono continuati sino al 1950: atrio, scalone, infermeria, sala dei Principi, forno, bagni, cucina, cantina, refettorio, appartamento del rettore, piazzali, aule scolastiche per l’esternato, aperto per l’anno scolastico 1904-1905, campanile per la Chiesa pubblica (2 aprile 1915), la cui campagna si trova sulla facciata della Parrocchia della Madonna della Divina Provvidenza.

- Insegnamento
Agli inizi del Collegio, il programma scolastico era indipendente da quello governativo. 
I Barnabiti, già dal Cinquecento avevano una ‘ratio studiorum’ che, lungo il corso dei secoli, hanno saputo adattare a qualunque ambiente, ottenendo frutti lusinghieri e riconoscimenti ufficiali.   La parifica del 1929 obbligò la Querce a seguire rigorosamente i programmi ministeriali. Tuttavia, accanto alle materie scolastiche, erano praticate arti figurative, equitazione, scherma, musica (1° Premio al Concorso Internazionale di canto corale il 25 maggio 1924), nuoto, canottaggio, judo.
Insegnanti erano i Padri e quei collaboratori laici, che condividevano le direttive pedagogiche cattoliche, le Suore Vincenziane del Cottolengo (1913-1933) e le Sacramentine di Bergamo (1933-2001), alle quali era affidata anche la cura dell’infermeria, della cucina e del guardaroba.

- Vicende politiche
Nel dicembre 1911 un ordine ministeriale imponeva la sospensione dall’insegnamento di tutti quei Padri che non erano in regola con i titoli accademici di studio: la fama della Querce moderò la decisione.
Nel 1913 l’autorità civile era intenzionata a confiscare i beni di tutte le congregazioni religiose.
La Querce era stata fondata e intestata al P. Cacciare, proprio per ovviare alle soppressioni del 1864: la comunità pensò di alienare il Collegio, ma la guerra impegnò gli animi ad altri problemi. I Padri tuttavia pensarono di procurare sicurezza giuridica all’istituto: intestarono il collegio a tre Padri (26. II. 1913) e in seguito fondarono la ‘Società Anonima Immobiliare Fiorentina’ (18. XI. 1923).
  
Nel 1916, il 3 ottobre, il Collegio fu requisito dall’autorità militare, che vi impiantarono un ospedale.
La Comunità dei religiosi dovette sfollare al Lo retino (villa sopra S. Andrea a Rovezzano, così chiamata per un annesso tempietto dedicato alla Madonna di Loreto),  chiudere l’esternato e ridurre le classi.
Il 12  giugno1919 la comunità e i convittori poterono tornare alla Querce. 

Nel 1940, il 25 giugno il Comando militare annuncia al Rettore P. Cambiagli che dal 6 luglio il Collegio sarebbe stato adibito a ospedale per i feriti. Convitto e Comunità dovettero sistemarsi nel locali del vicino Studentato S. Paolo e della Villa Aurora. L’amicizia del Rettore con il Principe Umberto di Savoia riuscì a sospendere l’impiego militare del Collegio (7. XI. 1940).
Avvicinandosi il fronte bellico, nell’anno scolastico 1943-44, si dovette provvedere a un sfollamento: solo l’8 settembre 1944 il Collegio poté riprendere regolarmente la sua attività educativa, ben stimata.

Il 25 gennaio 1969 nel salone dei cinquecento del Palazzo della Signoria, è stato conferito al Collegio la medaglia d’oro per meriti di opera educativa e di cultura. Proposta del Ministro della P. I. Gui, è stata portata dal nuovo ministro della P. I. Sullo. La firma sul documento è del Presidente Saragat.

- Chiusura
Le complesse vicende delle riforme scolastiche, le riorganizzazioni dell’attività (la chiusura del convitto, l’apertura del liceo scientifico, i necessari lavori strutturali), la graduale diminuzione degli alunni, hanno condizionato l’economia: la Congregazione ha deciso la chiusura progressiva dell’attività scolastica con il licenziamento dei dipendenti, docenti e non docenti, nonché l’alienazione dello stabile avvenuta nel 2005.
La Comunità, unificata, in un primo tempo, con quella della Parrocchia della Divina Provvidenza nel 2001, con quest’ultima si è trasferita nella Villa S. Paolo, divenuta, con il Capitolo Provinciale del luglio 2003, la sede unica ufficiale dei Barnabiti a Firenze.

I libri, circa 70.000, sono stati trasferiti in massima parte (dal 1500-1900, catalogati dalla sovrintendenza) a Roma, presso il Centro studi, in minima parte (non catalogati) a Napoli-Bianchi e a Villa S. Paolo.
La raccolta di libri scientifici, di astronomia sono stati regalati al Museo delle Scienze di Firenze
Il patrimonio di oggetti, strumenti, animali, catalogato, che costituiva il museo di scienze è stato trasferito a Napoli-Bianchi; i reperti del museo etrusco e i quadri dei principi degli studi a Villa S. Paolo.
Paramenti e oggetti  sacri nella Parrocchia della Madre della Divina Provvidenza e a Villa S. Paolo.
Diversi quadri (Cifariello, Annigoni , Ritratti dei Rettori), catalogati a Villa S. Paolo.
I Cartoni della  Crocifissione di Annigoni a Roma-Curia Generalizia.